FBI’ın özel ajanı Fox Mulder UFO’ların varlığına ve hükümetin çeşitli komplo teorileri ile uzaylıların varlığını gizlemeye çalıştığına inanmaktadır. Mulder X-Files olarak nitelendirilen ve gizemli, doğaüstü yönleri olduğu için FBI tarafından rafa kaldırılan araştırma dosyalarının peşinden gitmeye kararlıdır. Mulder bu dosyaların, hükümetin komplo teorilerini ortaya çıkartmak için kendisine yardımcı olacak deliller içerdiğinden emindir. Hayatını gerçeğin 'orada bir yerde duran gerçeği' ortaya çıkartmaya adamıştır.