Scully, işten çıkarılma tehlikesiyle karşı karşıya kalır. Ajan Mulder ise kaybolur. Mulder'ın izini bulabilmek için polisler, suçlu takibine girer.

Devlet, ajanlarla ilgili yakın takip içine girmeye karar verir. Bu sırada Mulder, babasının gizli bir çalışma içinde yer aldığına dair delilleri toplamaya çalışır.

İnsanlar, küçük bir kasabada gizemli bir ışık tarafından ortadan kaybolurlar. Ajanlar, bu kişilerin ardındaki sırrı çözmeye çalışırlar.

Psişik özellikleri olan bir adam, bir katilin izini süren ajanlara, işlerinde yardım eder.

Elektirikli sandalyede idam edilen bir mahkumun düşmanları birer birer ölmeye başlarlar.

Ajanlar, kurbanlarını yakalamak için interneti kullanan bir katilin peşine düşerler.

Garip ölümler meydana gelmektedir ve bu ölümlerin en büyük şüphelisi, vücudunun bazı kısımları kesilmiş olan bir adamdır.

Genç bir çocuk, deli bir adam tarafından kaçırılır. Psişik özellikleri olan kadın, adamla telepatik iletişime geçer.

Scully, ortaya çıkan garip, uzaydan gelen bir yaratığın izini sürer. Yaratıkla ilgili bilgi saihibi olan bir grup gençle karşılaşır.

Mulder, trenin dışında tuzağa düşürülür. Scully, hükümetin gizli dosyalarla ilgili sakladığı gerçekleri su yüzüne çıkarmaya çalışır.

Scully, ölümü savaşa neden olacak bir çocuğun hayatını korumaya çalışır.

Ajanlar, katil hamam böcekleri tarafından istila edilen bir kasabaya gelirler.

Ender rastlanan, gezegenlerin biraraya gelmesi, iki genç kıza tehlikeli telekinetik güçler verir.

Mulder, hapse atılan ve gizli güçler tarafından ele geçirildiğini iddia eden bir suçluyla takıntılı biçimde ilgilenmeye başlar.

Ajanlar, suya gömülü olan bir II. Dünya Savaşı uçağının etrafındaki gizemi çözmeye çalışırlar.

Mulder, hükümetin yaratık istilası ve batık II. Dünya Savaşı uçağı ile ilgili sahip olduğu bilgileri teker teker açığa çıkarmaya başlar.

Ajanlar, insanların düşüncelerini kontrol edebilen bir katille kedi-fare oyunu oynarlar.

Gizli bir kupa, Güney Amerika'dan Boston Müzesi'ne götürülürken, arkeoloji ekibinin üyeleri lanetlenir.

Ajanlar, San Francisco'nun Çin Kasabası dolaylarında meydana gelen ölüm oyununu araştırırlar.

Bir çiftin uzaylılar tarafından kaçırıldığı düşünülmektedir. Ajan Mulder ve Scully ise, olayların ardındaki gerçeği ve yaratıkları ortaya çıkarmaya çalışırlar.

Skinner, hayatını düzene koymakta güçlükler çekerken barda bir kadınla tanışır. Ve gecesini onunla geçirir. Ertesi gün kadın ölü bulunur. Ve cinayetten Skinner, sorumlu tutulmaktadır.

Küçük bir kasabanın yanındaki gölün kenarında esrarengiz kayboluşlar ve ölümler meydan gelmektedir. Mulder ve Scully, araştırma yapmak üzere çağırılırlar. Ajanlar, gerçeği araştırmak için nehrin kenarında araştırmalara girişirler.

Ajanlar, küçük kasabada meydana gelen cinayetlerin arkasındaki gizemi çözmek üzere görevlendirilirler. Bu sırada Scully ve Mulder, çeşitli gizemcilik denemelerine girişirler.

Mulder ve Scully, gizli güçeri olan bir adamla tanışırlar. Adam, Mulder'ın geçmişiyle ilgili onu rahatısz eden kimi sırlarını ortaya çıkarır. Bu sırlar, aynı zamanda yaratık istilasıyla ilgili birtakım bağlantılar da içermektedir.