Mulder ve Scully garip psikotik davranışlar sergileyen bir pilotun askeri test uçuşundan sonra kayboluşunu anlatan esrarengiz bir durumu araştırıyorlar.

Budahas, gizemli bir şekilde ortadan kaybolunca Mulder ve Scully onu aramaya koyulurlar. Arayış sırasında, Mulder, altı kişinin daha Budahas gibi gizemli bir şekilde kaybolduğunu anlar. Yaşanan tüm bu gizemli gözden kayboluşlar X Dosyası’nda yerini alır

Mulder ve Scully, her 30 yılda bir dünyaya gelen ve vahşice cinayetler işleyen insan robotun peşine düşerler.

Mulder, küçük yaşlarında yaşadığı ve kendisini derinden etkileyen bir olayla yıllar sonra yeniden karşı karşıya kalır. Çözülmesi gereken bu olay, Mulder'ı derinden etkiler.

Mulder ve Scully, 40 yıldan uzun bir süredir New Jersey eyaletinde başı boş dolaşan efsanevi yaratığı tuzağa düşürürler.

Mulder ve Scully, güçlü bir psikokinetik güç tarafından öldürüldüğü düşünülen iki adamın arkasındaki sır perdesini açmaya çalışırlar.

Cadılar Bayramı... Mulder ve Scully yine bir cinayeti araştırıyorlar. Ortada bilgisayar tarafından öldürüldüğü düşünülen bir şirket yöneticisi var. Mulder ve Scully, iz peşinde.

Atlantik Denizi'nde görevli olan iki jeofizik araştırmacısının vücuduna parazitik bir yaratık girer ve araştırmacıları öldürür. Mulder ve Scully, olayı incelemeye başlarlar.

Bir uzay gemisi sobotaja uğrar. Mulder, sabotajı yapanın astronotlardan birinin içine yerleşen cani uzaylının kötü ruhu olduğunu düşünür.

Ajan Mulder, Ufo kazası ile ilgili, hükümetin gizli tuttuğu bilgilere ulaşır. Ve X dosyaları projesi riske girer.

İki genç kızın babaları benzer şekillerde öldürülür. Mulder ve Scully, olayı inceleme altına alırlar.

Pirokinetik güçleri olan bir adam, gizlice İngiliz Kraliyet Ailesi'ne sızmaya çalışınca, Mulder ve Scully, İskoçya polisi ile iş birliğine içine girer.

Scully, idam mahkumunun itiraflarının, gerçek katili yakalamak için tek çare olduğuna inanmaktadır.

Dini bir tarikatin üyesi, işlenen cinayetlerin en önde gelen şühelilerinden olur.

Tehlikeli bir suç dosyasıyla ilgili kimi kanıtlar, Scully'nin eski erkek arkadaşı ve FBI eski ajanı Jack Willis'i göstermektedir.

Mulder'a karşı uzun zamandan beri kin güden bir suçlunun, hapishanede tutuklu bulunduğu sırada öldüğüne inanılır.

Taşınabilir yaratık yaşam biçimi üzerine hükümet, gizli bir çalışma yürütmektedir. Mulder ve Scully, halka karşı konuyla ilgili uygulanan bilgisizlendirme kampanyasına odaklanırlar.

Hükümet bakanın oğlu, dokunarak öldürme ve yaşatma yeteneğine sahiptir. Mulder ve Scully, bu bakanın yönettiği hükümeti inceleme altına alırlar.

Ajanlar, Amerikan eski inançlarında yer alan kurt benzeri yaratığın peşine düşerler.

Binlerce ölümcül, sinek benzeri parazit uzak ormanda konumlanır. Parazitler, kurbanlarını öldürüp; vücutlarına kozalarını bırakmaktadırlar. Bir grup işçi, ormandaki bu yaratıkları ortadan kaldırmaya çalışır.

Mulder'ın hapse attığı ve doğa üstü güçleri olan seri katil, meşruten tahliye olur.

Garip, nedeni çözülemeyen seri cinayetler olmaktadır. Ve sekiz yaşındaki bir kız çocuğu tüm bu suçların tek şüphelisi gibi görünmektedir.

Havacılık araştırmaları labaratuvarında görevli bilim adamı, gizemli bir şekilde öldürülür. Ajanlar, cinayetten sorumlu olan kapıcının telepatik olarak yönlendirildiğini düşünmektedirler.

Uzaydan gelen ve klonlanmış bir kaçağa ilişkin önemli dosya, devlet tarafından gizli tutulmaya çalışılmaktadır.