Kaptan Adama'nın ciddi bir şekilde sakatlanmasının ardından Kolonel Tigh Galactica'nın yönetimini devralır.

Galactica sonunda filoyla birleşir ancak Cylon'lar halen daha gemidelerdir.

Adama halen daha ameliyat masasındadır. Bu sırada Kobol sakinleri bulundukları umutsuz durumdan çıkmanın yollarını ararlar.

Mars kanunları filoda kötü etkilere sebebiyet verir ve Galactica'ya ikmali reddeder.

Kaptan Adama sonunda iyileşir ve Galactica'nın yönetimini yeniden ele alır.

Başkan Roslin'in koalisyon anlasmaşı denenmeye başlar. Adama oğlunun ihanetini üzerinden atamaz.

Adama Kobol'a gider ve başkan Roslin'i bizzat aramaya koyulur.

Savaş döneminin zorluğunu tarihe geçmesi için Galactica'ya bir gazeteci gönderilir.

Galactica'ni-ın bilgisayar sistemlerine bir virüs bulaşır ve tüm temel fonksiyonlar çalışmamaya başlar.

Galactica filosu Koloniden bir başka gemiyle karşılaşır: Pegasus.

Kara gizemli Cylon gemisinin fotoğraflarını çekmeyi başarır.

Galactica ve Pegasus Cylon gemilerine ortaklaşa bir saldırı düzenlemeyi planlar.

Baskan Roslin ölüme yaklaşır, bu sebepten en kötü durumu göz önüne alarak Dr. Gaius Baltar'ın hazır olması gereklidir.

Pegasus'un yeni kaptanı Jack Fisk kara borsacılar tarafından öldürülür. Adama cinayeti çözmekle görevlendirilir.

Yağmacı bir Cylon gemisi Koloni filosuna vur-kaç taktiğiyle saldırır.

Cloud Nine'da bir kadın birini esir alır ve ölen kocasının intikamını alabilmek için Adama'dan Sharon'u ister.

Apollo kayıp Raptor ekiplerini bulmak için yardım eder. Bu sırada Pegasus'un yeni kaptanı düzeni korumakta güçlük çeker.

Boomer'in bilinci yeni bir bedene yüklenir ancak o Cylon'ların işgal ettiği Caprica'daki yeni hayatına alışmakta zorlanır.

Tyrol korkunç kabuslar görmeye başlar ve bir rahipten yardım ister.

Sezon Finalinde Baltar seçimleri kazanır ancak Roslin onun bir Cylon ajanı olduğuna inandığı için seçimleri ondan çalmak ister.