12 koloniden oluşan insan ırkı, yapay zeka teknolojisini geliştirerek “Cylons”, yani Saylonlar’ı yaratır. Fakat, yapay zekaları insanlardan bağımsız olarak gelişen Saylonlar, başkaldırarak insan ırkına karşı büyük bir savaş açarlar. Bu ilk büyük saldırı sonrası ateşkes ilan edilse de, Saylonlar insanlardan tamamen uzaklaşmaz, tam aksine aralarında yaşamaya başlarlar. Hatta insanmış gibi programlanır. Kaleyi içten fetheden Saylonlar gerçekleştirdikleri büyük saldırıda, gezegenleri yerle bir ederek bir kerede milyarlarca insanı katleder. Bu kıyametten sadece 49 bin insan kurtulmayı başarır: O sırada havada olan ve aralarında savaş gemisi Battlestar Galactica’nın da yer aldığı bir grup uzay gemisi geriye kalan şanslı insan topluluğudur. Battlestar Galactica’nın bu noktadan sonraki görevi bellidir: Saylonlarla savaşarak, “Dünya” adındaki gezegende, 13.koloninin yaşadığı insan ırkını bulmak!